《海月姬 ~水母公主~》围绕着一群蛰居族女孩展开。女主角仓下月海是个极度热爱水母的宅女，她居住在充满着各种宅女的天水馆。月海认为自己平凡又土气，一心沉浸在水母的世界中。然而，男装丽人鲤渊藏之介的出现打破了她平静的蛰居生活。藏之介误打误撞住进天水馆，为了不暴露身份只能伪装成女性。在相处过程中，月海和藏之介渐渐产生了别样的感情。同时，月海也在藏之介的影响下，开始尝试改变自己，勇敢地走出蛰居的世界，去追求自己的梦想，参与到水母相关的活动中，在这个过程中，她不仅收获了爱情，也实现了自我成长，和天水馆的伙伴们一起书写着属于她们的精彩故事。