《东京巴比伦》围绕阴阳师皇昴流展开。皇昴流原本生活在北海道，因哥哥皇北都的缘故来到东京。北都希望昴流放弃阴阳师的身份，像普通人一样生活。然而，东京这座城市隐藏着诸多灵异事件和神秘力量。 昴流结识了樱冢星史郎，星史郎表面是兽医，实际身份神秘。两人在解决各种灵异案件的过程中，关系逐渐变得复杂。昴流在执行任务时，不断面对各种妖邪和人心的丑恶。随着故事发展，昴流发现星史郎接近自己有着不可告人的目的，而北都也陷入了危险之中。最终，故事走向了令人心碎的结局，昴流在痛苦中成长，也对阴阳师的使命有了更深的认识。